生物表面活性劑與化學表面活性劑相比，具有生物可降解性、低毒性和通過微生物發酵生產簡單等優點，在赤潮治理中具有廣泛的應用前景。在銅綠假單胞菌培養時產生的鼠李糖脂類生物表面活性劑，具有較強的抑菌活性。在1.0-3. 0mg/L濃度下，對延滯期東海原甲藻的生長有明顯抑制作用。對處于指數期藻細胞期間，當加入鼠李糖脂的濃度為15.0，20.0mg/L時，2.25h后顯微鏡下觀察時，已經有碎藻出現。5.25h后絕大多數藻細胞已破碎，未破碎的藻細胞也均變為圓球形或僅剩下空腔。10.25h后已經觀察不到藻細胞。

生物方法具有快速吸收營養鹽的能力，收獲時可將營養鹽帶出，降低水中富營養化程度。有報道栽培大型海藻是吸收、利用營養物質、防治富營養化的有效措施之一。

ZHOU等利用石莼、江蘺、昆布屬海藻等與魚、蝦、貝等養殖生物進行混養，可有效地降低水體中的營養物質濃度，減少赤潮爆發的可能性；張善東等研究結果顯示，龍須菜使得共培養體系中營養鹽迅速降低。從120 h開始，藻細胞密度開始持續下降，最終完全消亡。而東海原甲藻對于龍須菜的生長不構成明顯的影響。1g鮮重的龍須菜對NO-３和對PO４３-的吸收能力分別相當于6.0× 107、2.4× 107個東海原甲藻細胞。在起始密度為10 g /L和20 g/L，海洋原甲藻的細胞數量在實驗進行6d后呈下降趨勢，赤潮異彎藻在實驗進行6d后接近全部死亡。

利用化感作用控制藻類生長被認為是一種新興、高效、安全的抑藻方法。小麥秸、鳳眼蓮根系、杉木粉等均可分泌產生某些化感物質，抑制赤潮藻類的生長。

在N-營養鹽限制下，塔瑪亞歷山大藻溶血毒素對東海原甲藻生長的抑制作用最明顯；其次為Fe-、P-限制條件。富營養條件下的影響相對較弱，這與營養鹽限制條件下培養液的溶血活性大小一致，存在一定相關性。

鳳眼蓮根中含有一定量的亞油酸、N-苯基-2-萘胺和大量的長鏈脂肪酸（十六酸、9-十六碳烯酸等）。結果顯示，1.5g/L以上的鳳眼蓮根粉末可完全抑制東海原甲藻的生長。濃度0.019g/L的鳳眼蓮根丙酮提取物對東海原甲藻可產生50％的抑制率。N-苯基- 2-萘胺濃度為l mg/L時，第6d對東海原甲藻的抑制率超過60％。濃度50 μ g/L時，亞油酸對東海原甲藻的抑制率超過80%。